Фамилия Алитратов не даёт сразу понять, откуда она взялась. Привычная русская модель «прозвище плюс суффикс -ов» здесь работает только наполовину: суффикс указывает на «сына» или «потомка» человека, а вот корень нужно искать не в славянских языках. Основа «Алитрат» почти наверняка восходит к арабскому миру, а точнее — к слову «аль-Тират» или «Тират», которое означает «чтение» или «рецитация». В исламской культуре так называли человека, который читает Коран нараспев, знает тексты наизусть или просто слывёт начитанным. В тюркской среде это слово закрепилось как личное имя или прозвище, а потом, при оформлении фамилий, к нему добавили русский суффикс -ов. Так Алитратов стал буквально «сыном Алитрата» — то есть потомком чтеца.

Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Алитра́тов. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с греческим словом «алитра» (ἄλιτρα) — «прегрешение» или «проступок». Но в таком случае фамилия была бы искусственной, семинарской, а для столь редкой фамилии это маловероятно: семинаристы обычно брали более «благозвучные» греческие основы.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где веками смешивались славяне, тюрки и кавказские народы. Встречается она в единичных записях, что указывает на узкий круг родоначальников. Вероятно, предок Алитратовых был выходцем из татарской, башкирской или кавказской среды, который либо принял православие, либо получил русскую фамилию при переписи. Социально он мог быть муллой, учителем или просто грамотным человеком в сельской общине — прозвище прямо указывает на связь с книжностью и религиозным знанием. Сегодня носители фамилии уже полностью ассимилированы, но в самом её звучании сохранилась память о далёком предке-чтеце.