Фамилия Альмикеев — редкий пример, где географическая привязка говорит больше, чем прозрачная этимология. Судя по финали -еев, это патроним на -ев, образованный от имени или прозвища Альмикей, которое, в свою очередь, восходит к тюркскому имени Алмикей (Альмикей). Основа «ал-» в тюркских языках часто связана с понятием «алый», «красный» или с глаголом «брать», «взять». В составе сложных имен (например, Алмыш, Алмаз) она могла означать «возьми», «забери», что в древности служило оберегом: считалось, что имя-пожелание отгоняет злых духов.

Фамилия явно невеликорусская. Она сконцентрирована в Волго-Уральском регионе и Западной Сибири, где исторически жили татары, башкиры и чуваши. Формант -еев (а не -ев) указывает на то, что в основе лежит имя на мягкий согласный или на -ий: Альмикей (где -ей — уменьшительный аффикс). Это типичная модель для тюркских фамилий, русифицированных при крещении или при переходе в православие. В метрических книгах Казанской и Уфимской губерний XIX века встречаются записи о крещёных татарах с фамилией Альмикеевы, что подтверждает версию о происхождении от домусульманского или христианского имени.

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию с арабским «аль-мукыйм» (постоянный, пребывающий), но фонетический переход «у» в «и» и появление суффикса -еев делают эту гипотезу натянутой. Правдоподобнее считать, что Альмикеев — это «сын Альмикея», где Альмикей — тюркское личное имя, бытовавшее в среде служилых татар и тептярей. Носители фамилии, скорее всего, были либо крестьянами-земледельцами, либо небогатыми служилыми людьми, несшими сторожевую службу на юго-восточных рубежах России. Сословный состав неоднороден: в ревизских сказках XVIII века Альмикеевы записаны и как государственные крестьяне, и как отставные казаки.

Сегодня фамилия остаётся малочисленной — её носителей насчитывается не более нескольких сотен человек в России. Встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области.