Фамилия Альмикеев — один из тех редких случаев, когда географическая привязка говорит больше, чем прозрачная этимология. Судя по финали -еев, это патроним, образованный от имени или прозвища Альмикей. Формант -еев (а не -ев) прямо указывает: в основе лежит имя на мягкий согласный или на -ий. Альмикей — тюркское личное имя, где -ей выступает уменьшительным аффиксом. Сама основа «ал-» в тюркских языках многозначна: она связана либо с понятием «алый», «красный», либо с глаголом «брать», «взять». В составе сложных имён (Алмыш, Алмаз) она нередко служила оберегом — имя-пожелание «возьми», «забери» должно было отгонять злых духов.

Фамилия явно невеликорусская. Её ядро — Волго-Уральский регион и Западная Сибирь, где исторически жили татары, башкиры и чуваши. В метрических книгах Казанской и Уфимской губерний XIX века встречаются записи о крещёных татарах с фамилией Альмикеевы. Это типичная модель для тюркских фамилий, русифицированных при крещении или переходе в православие: тюркское имя получало русский патронимический суффикс. Носители фамилии, скорее всего, были либо крестьянами-земледельцами, либо небогатыми служилыми людьми, нёсшими сторожевую службу на юго-восточных рубежах России. Сословный состав неоднороден: в ревизских сказках XVIII века Альмикеевы записаны и как государственные крестьяне, и как отставные казаки.

Вторая версия, связывающая фамилию с арабским «аль-мукыйм» (постоянный, пребывающий), выглядит натянутой. Фонетический переход «у» в «и» и появление суффикса -еев делают эту гипотезу маловероятной. Куда правдоподобнее считать, что Альмикеев — это «сын Альмикея», а само имя бытовало в среде служилых татар и тептярей. Сегодня фамилия остаётся малочисленной — её носителей насчитывается не более нескольких сотен человек в России, преимущественно в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области.