Фамилия Альмикеева — женская форма, её мужской вариант — Альмикеев. В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Альмикей, которое составное и несёт в себе двойной сакральный смысл. Первая часть «ал» восходит к арабскому «али» — «высокий», «великий», «возвышенный». Вторая часть «микей» — это вариант имени Микаил (в христианстве — Михаил), широко распространённого у мусульманских народов. Таким образом, имя Альмикей переводится как «великий Микаил» или «возвышенный, как Микаил». В исламе Микаил — один из четырёх приближённых ангелов, ведающий природными стихиями и пропитанием людей, поэтому имя изначально имело уважительный, почти сакральный оттенок.

Фамилию образовали по русской модели: к основе «Альмикеев» добавили суффикс -а, указывающий на принадлежность к роду. Обычно такие фамилии закреплялись за детьми, внуками или женой человека по имени Альмикей. Словообразовательная цепочка проста и прозрачна: Альмикей → Альмикеев (сын Альмикея) → Альмикеева (дочь или жена Альмикеева). Суффикс -ев, а не -ов, подсказывает, что основа имени оканчивалась на мягкий согласный или й, что характерно для тюркских имён, адаптированных в русской среде.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где исторически жили татары и башкиры. Встречается она и у русских, но чаще у татар-мишарей и казанских татар. В XIX веке эти народы активно получали фамилии по отцу с русскими патронимическими суффиксами, и Альмикеев — типичный пример такой записи. В метрических книгах и ревизских сказках середины XIX века можно найти эту фамилию в деревнях нынешнего Татарстана и Башкортостана.

Спорных версий происхождения у фамилии практически нет. Корень прозрачен, аналогов в славянских языках не существует. Попытки вывести фамилию от географического названия Альметьевск — вторичны: сам топоним образован от того же имени Альмет (вариант Альмикей). Так что носитель фамилии Альмикеева почти наверняка потомок человека, которого в народе звали Альмикей — имени, соединившего арабскую религиозную лексику с ангельским именем из Корана.