Фамилия Альмисакова — редкий случай, когда географический маркер оказывается едва ли не важнее личного имени или прозвища в основе. Слово «Альмиса» с высокой вероятностью отсылает к реке Альмиса (сейчас её чаще называют Альмин) в Крыму. Название тюркского происхождения, от «алма» — яблоко, то есть «яблоневая река». Если предок получил прозвище по месту жительства — «тот, кто с Альмисы», — то фамилия фиксирует крымское происхождение рода. Суффикс -ов-/-ев- в русской модели превращает это прозвище в притяжательное прилагательное: «чей?» — Альмисаков, то есть потомок человека по прозвищу Альмиса.

Менее вероятно, но не исключено, что Альмиса — вариант тюркского имени Алмас (алмаз, твёрдый, несокрушимый) с диалектным смягчением. Тогда фамилия означала бы «сын Алмаса». Однако форма Альмисакова, а не Альмасова, делает эту версию слабее: удлинение «и» между «л» и «м» характерно именно для гидронима, а не для личного имени.

Фамилия несёт отчётливый отпечаток южного, крымско-татарского или караимского следа. В русском бытовании она могла закрепиться после присоединения Крыма к Российской империи в конце XVIII века, когда татарские и караимские роды переходили в православие и получали фамилии по прежним прозвищам. Обратите внимание на окончание -а: Альмисакова — это женская форма. Мужской вариант — Альмисаков. В официальных документах дореволюционной эпохи женская фамилия могла не склоняться, но в современном русском языке она склоняется по обычным правилам.

С точки зрения словообразования здесь редкий случай: основа не на согласный, а на гласный «а», что в русской фамильной модели встречается нечасто. Обычно такие фамилии (типа Бутаков, Каратаев) — результат адаптации иноязычного корня. Альмисакова — не исключение.