Фамилия Альмяков образована от личного имени или прозвища Альмяк. По наиболее распространённой версии, в основе лежит тюркское имя Альмяк (варианты — Альмак, Алмек), которое восходит к арабскому Алим — «знающий», «учёный». В татарской и башкирской среде такие имена давали с пожеланием ребёнку ума и образованности. Фамилия строится по русской модели: к основе Альмяк добавляется фамильный суффикс -ов, типичный для фамилий, возникших в среде крещёных татар или народов Поволжья.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Альмяк, связанного с диалектным словом «альма» (яблоко) в некоторых тюркских языках. Тогда прозвище мог получить садовод, торговец яблоками или человек с круглым лицом. Однако первая версия надёжнее: имя Альмяк фиксируется в метрических книгах XIX века среди казанских и уфимских татар, а фамилия Альмяков встречается в Татарстане, Башкортостане и соседних областях.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Альмяков — «сын Альмяка». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что типично для фамилий, возникших в XIX веке после отмены крепостного права. Интересно, что форма Альмяков встречается реже, чем однокоренные Альмаков или Алмеков, что может говорить о локальном бытовании именно с мягким вариантом основы.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Альмяков не упоминается, что подтверждает её региональный и сравнительно поздний характер. Носители фамилии — в основном жители Поволжья и Приуралья, где смешение тюркских и славянских антропонимических традиций дало множество подобных фамилий.