Фамилия Алопин — редкий случай, когда основа слова не даёт очевидной отгадки. На первый взгляд она напоминает фамилии на -ин, образованные от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я (ср. Алешин, Антипин). Но что за имя или прозвище могло лежать в основе? Самое прямое предположение — это вариант фамилии Алопов, где суффикс -ов заменили на -ин под влиянием местного говора или просто по ошибке писаря. Однако есть и более содержательная версия.

Вероятнее всего, Алопин восходит к прозвищу Алопа или Алопа. В русских диалектах слово «алоп» или «алопа» фиксируется в значении «простофиля, разиня, нерасторопный человек». Такое прозвище могли дать медлительному, задумчивому или рассеянному крестьянину. Модель образования проста: прозвище Алопа + притяжательный суффикс -ин (буквально: «чей? — Алопин сын, Алопин работник»). Фамилия закрепилась в северных и центральных губерниях России, но осталась крайне малочисленной.

Менее правдоподобна, но допустима версия о связи с тюркским корнем «алоп» (в некоторых языках — «пестрый, пятнистый»). В таком случае прозвище могло относиться к внешности человека (например, веснушчатый). Но для русского ономастикона эта гипотеза слабая: нет ни исторических записей, ни устойчивой традиции заимствования именно этого корня в фамилиях.

С точки зрения словообразования, фамилия Алопин стоит в одном ряду с однокоренными Алопов, Алопаев, Алопян. Все они редки и, скорее всего, имеют общий корень, но разошлись по разным суффиксальным моделям. Социальный состав носителей, судя по архивным данным XIX века, — преимущественно крестьяне и мещане, без связи с дворянскими родами. Фамилия не попала в списки титулованных или столбовых дворян, что косвенно подтверждает её прозвищное, бытовое происхождение.