Фамилия Альсин — редкий случай, когда с первого взгляда ясна основа, но неочевидна её природа. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от имени или прозвища с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Альсин, то есть сын (или потомок) Альсы.

Корень «Альс-» в русской среде нетипичен. Самая вероятная версия — это адаптация тюркского имени Альса (Алса), которое распространено у башкир, татар и других народов Поволжья. В тюркских языках «ал» может означать «алый», «красный», «красивый», а «са» — «вода», «река», либо быть частью сложносоставного имени. В таком случае фамилия Альсин могла возникнуть в среде крещёных татар или башкир, которые переходили в православие и получали фамилии по отцу. Географически это указывает на Оренбуржье, Урал или Западную Сибирь — регионы активного русско-тюркского пограничья.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с греческим именем Алсий (Αλσιος), которое встречается в православных святцах. Однако греческая форма дала бы скорее фамилию Алсиев или Алсин с ударением на второй слог, а в русском быту она почти не фиксируется. Поэтому версия с тюркским корнем надёжнее: она объясняет и редкость фамилии, и её звуковой облик.

Суффикс -ин в данном случае работает так же, как в фамилиях Пушкин, Ильин или Галин: он присоединяется к основе, оканчивающейся на -а, и указывает на родство. Модель типична для русской ономастики XVI–XVII веков, когда фамилии активно формировались у разных сословий, в том числе у служилых татар и новокрещённых.

Если ваши предки носили фамилию Альсин, стоит искать их в метрических книгах южноуральских или приволжских губерний — именно там могла закрепиться эта фамилия, сохранив память о родоначальнике с необычным для русского уха именем.