Фамилия Алун — редкий случай, когда корень слова неочевиден и не вписывается в привычные славянские модели. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, перед нами либо искусственное позднее образование, либо фамилия, пришедшая из другого языка.

Самая вероятная версия связывает Алун с тюркскими или кавказскими корнями. В ряде тюркских языков «алун» означает «алый», «красный» или «румяный». Прозвище Алун могли дать человеку с ярким румянцем, рыжими волосами или просто любившему красную одежду. Слово встречается в башкирском, татарском и некоторых кавказских языках, что объясняет географию фамилии — она изредка фиксируется в Поволжье, на Урале и в Закавказье.

Вторая, менее распространённая гипотеза выводит фамилию из эстонского или финского «alune» — «нижний», «подножие». В таком случае Алун могло быть прозвищем человека, жившего у подножия горы или в низине. Однако эта версия слабее: в прибалтийско-финских языках фамилии на -н без дополнительных суффиксов встречаются редко.

Интересно, что фамилия почти не встречается в старых русских переписных книгах и ревизских сказках. Это указывает на её позднее оформление — скорее всего, в XIX — начале XX века, когда крестьянам и инородцам массово давали фамилии по прозвищам. Алун могло остаться в неизменном виде, без русификации, что для тюркских прозвищ нехарактерно (обычно они обрастали суффиксами -ов или -ев). Отсутствие суффикса делает фамилию уникальной среди окружающих «Ивановых» и «Петровых».

Поскольку фамилия редкая, её носители вряд ли принадлежали к дворянству или купечеству. Скорее всего, предки были крестьянами, казаками или мещанами из регионов с тюркским населением. Сегодня Алун можно встретить в Татарстане, Башкортостане, а также среди потомков эмигрантов первой волны, где фамилия сохранилась в исходной записи.