Фамилия Алякишева — женская форма фамилии Алякишев. Её основа — мужское личное имя или прозвище Алякиш. В русской ономастике это редкий случай, когда фамилия образована не от канонического церковного имени, а от местного, диалектного прозвища. Искать корень стоит в тюркских языках: слово «аляк» или «алак» в ряде тюркских наречий означало «пёстрый», «рябой», а также могло относиться к масти лошади. Уменьшительно-уничижительный суффикс -ыш (как в словах «глупыш», «крепыш») даёт прозвище Алякыш — «рябоватый», «пёстренький». Так могли назвать человека с веснушками, с неровным цветом кожи или того, кто носил пёструю одежду.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Алякишев буквально означает «сын Алякиша». По модели образования фамилия типична для русской среды, но основа выдает контактную зону русского и тюркского населения — Поволжье, Приуралье или южные регионы. Географически фамилия Алякишева встречается рассеянно, без явного гнезда в одном уезде, что говорит о её относительно позднем закреплении (не ранее XVII–XVIII веков) и невысокой численности рода.

В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от имён на -а/-я, форма на -ев здесь закономерна: основа Алякиш оканчивается на шипящий, поэтому по правилам русской грамматики присоединяется -ев, а не -ов. Спорных версий происхождения немного: иногда Алякишева пытаются возвести к арабскому имени Аля (высокий, возвышенный) с добавлением тюркского суффикса, но это натяжка — фонетика и словообразовательная модель указывают именно на прозвищную природу с тюркским корнем. Сословная принадлежность первых носителей не установлена, но суффикс -ыш в прозвищах чаще встречался в крестьянской и посадской среде, чем среди дворянства.