Фамилия Амоян — типичная армянская фамилия, образованная по модели «основа + суффикс -ян». Суффикс -ян (в древней форме -янц) означает принадлежность к роду, клану, то есть «из рода такого-то». В армянском языке такие фамилии называют «азганун» — буквально «имя клана». Поэтому Амоян — это «потомок Амо».

Основа фамилии — древнее мужское имя Амо. Это имя встречается у многих кавказских народов, и существует несколько гипотез о его значении. По одной из них, имя Амо означает «вознесение» или «принадлежащий Богу». Другая версия связывает его с санскритским корнем, где оно переводится как «светящийся, сверкающий в небе». Есть также версия, что имя может означать «идущий».

Скорее всего, имя Амо — это сокращённая или народная форма какого-либо более полного теофорного имени (содержащего корень, обозначающий Бога). В Армении такие сокращения были распространены: например, Амо могло быть краткой формой от Амаяк или Амазасп. Родители, давая сыну имя Амо, желали ему быть под защитой Бога и вырасти истинно религиозным человеком.

Географически фамилия Амоян чаще всего встречается среди армян, исторически связанных с областями Западной Армении (в частности, с окрестностями Вана) и Нагорного Карабаха. В России и других странах бывшего СССР она распространена благодаря миграции армянского населения.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали отчество отца, армянский суффикс -ян указывает на родовую принадлежность, что делает фамилию Амоян не просто указанием на предка по имени Амо, а на целый клан, носивший это родовое имя.