Фамилия Анайбеков — яркий пример модели, по которой во второй половине XIX — начале XX века оформлялись фамилии у народов Северного Кавказа, Средней Азии и Поволжья. Её основа — составное тюркское имя Анайбек, где «анай» (в разных диалектах «ана», «эне») означает «мать», а «бек» — «господин», «князь», «предводитель». В прямом смысле имя переводится как «мать-госпожа» или «госпожа мать», но в ономастике оно указывало на человека, рождённого после смерти матери или в её преклонном возрасте, — своего рода «дар матери». Русский суффикс -ов добавили при паспортизации, чтобы вписать фамилию в привычную для имперской администрации форму.

Словообразовательная модель здесь та же, что и у тысяч фамилий на -ов/-ев от мусульманских имён: Алибеков, Узбеков, Темирбеков. Но Анайбеков стоит особняком — имя Анайбек гораздо реже, чем, скажем, Алибек или Бекмурат. Это сразу говорит о том, что предки носителя фамилии не были рядовыми крестьянами: суффикс «бек» в имени указывал на принадлежность к военной или родовой знати, пусть и невысокого ранга. В среде кумыков, ногайцев, казахов или башкир человек с таким именем мог быть младшим князем, старшиной или уважаемым старейшиной, чей авторитет держался на происхождении.

Географически фамилия тяготеет к Дагестану (особенно к кумыкским сёлам), а также к Чечне и Ставрополью. Встречается она и у казахов, но там чаще пишется как Анайбеков или Анайбек. Написание через «а» в первом слоге — норма для русского делопроизводства, хотя в оригинале может звучать как «Энейбек» или «Анайбек». Споров о корне почти нет: тюркское происхождение бесспорно, а попытки связать фамилию с арабским «ана» (я) — лингвистический нонсенс, так как арабское местоимение не образует имён с «беком».

Если сравнивать с однокоренными, то Анайбеков стоит в одном ряду с Анаевым (от просто «Анай», без титула) и Бековым (от «бек» без приставки). Но именно двусоставная основа — Анай-бек — делает фамилию более аристократичной по духу: она не просто называла человека, а фиксировала его социальный статус и обстоятельства рождения. В советское время многие носители фамилии утратили память о её значении, но исходный смысл — «почтенный, как мать» или «рождённый благодаря матери» — остаётся ключом к пониманию истории рода.