Фамилия Андрухненко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках закрепилась в Поднепровье и Слобожанщине. Суффикс -енко исторически означал «маленький», «сын» или «ученик»: Андрухненко — буквально «сын Андруха» или «маленький Андрух». Сама основа Андрух — это уменьшительно-ласкательная форма имени Андрей, которая возникла в разговорной речи через чередование звуков: Андрей → Андрух (как Михайло → Михей или Григорий → Гриць). В украинском языке усечение и добавление -ух- давало прозвищные формы: Андрух, Андрушко, Андрущенко.

Если копнуть глубже, фамилия могла возникнуть не только от имени, но и от прозвища. В некоторых говорах «андрух» или «андруха» — это диалектное название черта, лешего или нечистой силы (от польского dla drwienia — «для насмешки»). Однако эта версия менее вероятна для фамилии: ономасты (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») отмечают, что прозвища с отрицательным значением редко становились основой для фамилий на -енко в крестьянской среде, где ценили родство по отцу. Чаще всего Андрухненко — это именно патроним, то есть указание на отца по имени.

Географически фамилия распространена в центральной и восточной Украине (Полтавщина, Черкащина, Харьковщина), а также в приграничных областях России — Курской и Белгородской, куда украинские переселенцы принесли свой говор и фамильные модели. В документах XVIII века встречаются однокоренные варианты: Андрущенко, Андрухов, Андрухович — все они восходят к тому же корню, но различаются суффиксами, которые указывали на региональные особенности: -ович — для шляхты и мещан, -енко — для казаков и крестьян.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов (Андрухов), которые фиксировали принадлежность к хозяину или роду, Андрухненко подчёркивало именно кровное родство по отцу. В реестрах Запорожской Сечи подобные патронимы были нормой — казаков записывали по имени отца, а не по деду или профессии. Так что предок-носитель фамилии, скорее всего, был либо казаком, либо свободным крестьянином, а его отца звали Андрухом (Андреем).