Фамилия Анинкина — это женская форма, а её мужской вариант — Анинкин. Принадлежит к распространённому в России типу фамилий на -ин, которые образуются от имён, прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на -а или -я. В основе здесь лежит имя или прозвище Анинка. Такая форма могла возникнуть двумя путями: либо как уменьшительно-ласкательное от крестильного имени Анина (редкий вариант имени Анна, где ударение падает на второй слог), либо как производное от имени Анисим или Ананий. В народной речи имена часто сокращали и переделывали: Анисим превращался в Аниму, а затем в Анинку, а Ананий — в Ананю и далее в ту же Анинку. Суффикс -к- в таких прозвищах носил не столько уменьшительный, сколько обиходный, фамильярный оттенок — так называли в быту, в кругу семьи или в деревне.

Вторая, менее очевидная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «анинка». В некоторых северных и сибирских говорах так называли растение анютка (фиалку) или, реже, ягодный кустарник. Если предок носил прозвище Анинка, это могло быть связано с его внешностью (например, глаза цвета фиалки) или с местом жительства (урочище, где росло много таких цветов). Однако эта гипотеза слабее, так как прозвища от названий растений в русской антропонимии встречаются, но редко, и обычно имеют чёткую привязку к промыслу (травник, знахарь).

Географически фамилия Анинкины встречается в основном в центральных и северных областях России: Вологодской, Костромской, Кировской, а также в Поволжье. Это указывает на то, что носители фамилии были преимущественно крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами. В дореволюционных переписях (например, в ревизских сказках XIX века) Анинкины чаще всего записаны как государственные крестьяне. Сословная принадлежность была однородной, без резких социальных контрастов.

Суффикс -ин однозначно указывает на принадлежность: «чей?» — Анинкин, то есть сын или потомок Анинки. Такая модель — одна из древнейших в русском языке, она закрепилась ещё в XV–XVI веках. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на согласный, -ин характерен для основ на -а/-я. Поэтому Анинкина — типичный случай, когда фамилия буквально означает «дочь (или жена) Анинки». Никакой скрытой символики или редкого корня в ней нет, но зато хорошо видна живая народная словообразовательная цепочка: от полного имени через бытовое прозвище к фамилии.