Фамилия Анисайкин — редкий случай, когда исходное имя почти исчезло из обихода, а фамилия осталась. В её основе лежит крестильное имя Анисайка — народная, обиходная форма канонического имени Онисим (от греческого «онисимос» — полезный). В русских говорах имя Онисим превращалось в Онисимка, Анисимка, а затем и в Анисайка — через замену конечного звука под влиянием других уменьшительных форм. Фамилия образована по стандартной модели: имя Анисайка плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «сын Анисайки» или «принадлежащий Анисайке».

Отличительная черта фамилии — суффикс -айк- в основе. Это не просто уменьшительная форма, а диалектный вариант, характерный для севернорусских и некоторых среднерусских говоров, где имена на -айка (Ермолайка, Анисайка) были распространены больше, чем в южных регионах. Поэтому географически фамилия Анисайкин скорее всего зародилась в районах бывшего Архангельского, Вологодского или Костромского наместничества, где такие формы были нормой. Переписчики и приказные люди записывали крестьян «по отцу» именно так, как те себя называли в быту.

Если сравнить с более распространёнными однокоренными фамилиями — Анисимов, Анисимкин, Анисимовский, — то Анисайкин стоит особняком. В то время как Анисимов образовано от полной формы имени, а Анисимкин — от стандартного уменьшительного, Анисайкин сохранил именно местный, диалектный вариант. Это делает её ценным маркером для историков и краеведов: по такой фамилии можно с большой вероятностью определить, что предки носителя жили в зоне северного наречия, где «аканье» и специфические суффиксы были в ходу.

Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным сословиям у фамилии Анисайкин нет. Это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где отчество бытовало в устной речи, а затем было закреплено в документах. В современной России она встречается редко, в основном на севере и северо-востоке европейской части страны, что подтверждает её диалектное происхождение.