Фамилия Антипа — редкая и короткая, она образована напрямую от крестильного имени, без каких-либо суффиксов. Это так называемая «русская фамилия в чистом виде», а такие на самом деле встречаются нечасто. Обычно их давали в среде духовенства — по имени святого, — или, реже, в крестьянской среде на Русском Севере, где сохранялась архаичная традиция называть человека просто по имени, без патронимического суффикса. В официальных документах такая форма могла закрепиться за единственным родом, чтобы отличать его от многочисленных Антиповых (с суффиксом -ов) в той же волости.

Основа фамилии — каноническое мужское имя Антипа. Его носил один из раннехристианских святых, епископ Пергамский. Имя греческое и означает «против всех» или «вместо отца». В святцах оно встречается, но в народном быту было не слишком распространено, поэтому и фамилия, от него образованная, осталась штучной, не массовой. В народе имя Антипа часто путали с более привычным Антип, а в некоторых говорах форма «Антипа» воспринималась как уменьшительная или просторечная. Поэтому носитель фамилии Антипа — это, скорее всего, потомок человека, которого в церковных метриках записали именно полным именем, а не через уменьшительное Антипка.

Версия о прозвищном происхождении (от диалектного «антипа» — упрямец) возможна, но менее убедительна: в говорах такое слово не зафиксировано как устойчивое прозвище. Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России, а также к старообрядческим общинам, где чтили святого Антипу. Встречается она и у украинцев, и у белорусов, но в форме Антипа (с ударением на первый или второй слог) — почти всегда указание на русское происхождение.