Фамилия Антипанов ведет свою родословную от имени Антипан — старинной народной формы церковного имени Антипа. Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе имени Антипан прибавился типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — «Антипанов сын»). В ономастике это один из самых распространенных способов закрепить за потомками имя отца или деда.

Само имя Антипа в переводе с греческого, по наиболее вероятной версии, означает «противник всего» или «упорный». В отличие от многих фамилий, где этимология теряется в веках, здесь прослеживается прямая связь с конкретным историческим деятелем. Небесным покровителем имени считается священномученик Антипа — ученик апостола Иоанна Богослова и епископ Пергамской Церкви в годы правления императора Нерона. В то время христиан подвергали казням и изгнанию за отказ приносить жертвы идолам; сам Иоанн Богослов был заточен на остров Патмос. Антипа же твердой верой и проповедью убеждал жителей Пергама уклоняться от языческих обрядов. Разгневанные жрецы требовали от него прекратить проповедь, но епископ ответил отказом служить «богам-бесам» и был жестоко казнен. После смерти его гробница, по преданию, стала источником чудес и исцелений от болезней.

В бытовой русской традиции имя Антипа, несмотря на книжное звучание, прижилось в народной форме Антипан. Именно от нее и пошла фамилия Антипанов. Таким образом, предки современных носителей фамилии — потомки человека по имени Антипан, чье имя, в свою очередь, восходит к раннехристианскому мученику.