Фамилия Антонайтус — редкий для русскоязычного уха пример, когда носитель не стал адаптировать балтийскую фамилию под местные стандарты, а сохранил её в исходной литовской форме. Это сразу выдает её происхождение: перед нами не переделанный на русский лад «Антонов», а прямая литовская патронимическая фамилия.

Корень у неё прозрачный: крестильное имя Антон, которое в Литве и соседней Польше издавна бытовало в форме Antanas. От него и образовали фамилию. Ключевой элемент здесь — суффикс -айтус (в литовской орфографии мужского рода это -aitis). В литовской традиции этот суффикс выполнял роль отчества: он указывал на сына или потомка. Антонайтус — буквально «сын Антанаса» или «потомок Антона». Такие фамилии на -aitis (в русской записи часто -айтис или -айтус) были особенно распространены среди крестьян западной Литвы, в жемайтских говорах, и передавались по мужской линии без изменения.

Обратите внимание на окончание -ус вместо привычного -ис. В литовском языке мужские фамилии в именительном падеже заканчиваются на -as, -is или -us. Форма Antanaitus (с -us) — это диалектный или исторический вариант; в современной Литве та же фамилия чаще выглядела бы как Antanaitis. Написание «Антонайтус» вместо «Антонайтис» — результат записи фамилии на слух, без учёта литовской грамматики. Так часто случалось в метрических книгах Российской империи, где чиновники фиксировали звучание, а не написание.

Таким образом, предок человека с фамилией Антонайтус — скорее всего, литовский крестьянин из Жемайтии, чьего отца звали Антанасом. Фамилия чисто патронимическая, то есть «по отцу», и не несет указания на ремесло или прозвище. В русской среде она осталась редкой и легко узнаваемой именно потому, что не вписалась в привычную модель с суффиксами -ов или -ин.