Фамилия Антоний — редкий случай, когда фамилия полностью совпадает с полной формой крестильного имени, а не с его производной. Обычно от имени Антоний образовывали фамилии через суффиксы принадлежности (-ов, -ин, -ский), но здесь перед нами «застывшая» форма самого имени. Такой тип фамилий характерен для духовенства: в семинариях нередко давали фамилии по именам святых, и «Антоний» мог стать фамилией выпускника, взявшего имя в честь преподобного.

Само имя Антоний восходит к греческому «anteo» — «вступать в бой, состязаться». Однако в народном сознании эта этимология почти стёрлась, и имя закрепилось как церковное, связанное с несколькими почитаемыми покровителями. Один из них — Антоний Римлянин, чья история необычна: во время гонений на православных он скитался, пока не нашёл на берегу моря большой камень. На этом камне, по преданию, он целый год прожил в посте и молитве, а позже на том месте основал монастырь. Именно этот сюжет — с камнем и основанием обители — мог повлиять на выбор фамилии для семинариста, желавшего подчеркнуть аскетический идеал.

Другая, более бытовая версия происхождения фамилии — от имени отца, записанного в документах без изменений. В некоторых регионах, особенно на западе России и в Беларуси, фамилии без суффиксов (так называемые «полуфамилии») встречались у крестьян и мещан вплоть до XIX века. Например, в ревизских сказках могли записать просто «Иван Антоний» — со временем это закрепилось как наследственная фамилия.

Фамилия Антоний — одна из самых редких среди «именных» фамилий. По сравнению с массовыми Антоновыми и Антоненко, она почти не встречается, что делает её надёжным маркером либо церковного происхождения предка, либо очень ранней фиксации в документах, когда фамилии ещё не успели обрасти типовыми суффиксами.