Фамилия Антоникова — редкий случай, когда суффикс меняет привычное звучание имени. В её основе лежит крестильное имя Антон (от латинского Antonius, предположительно «вступающий в бой»), но образована она не через стандартный суффикс -ов или -ин, а через -ик и далее по притяжательной модели -ов. Цепочка получается такая: Антон → Антоник (уменьшительное или прозвище) → сын Антоника → Антоников → женская форма Антоникова.

Модель с суффиксом -ик в русских фамилиях встречается реже, чем, скажем, -ка или -ок. Обычно -ик в прозвищах указывал на уменьшительность или принадлежность к чему-то («маленький Антон» или «человек, связанный с Антоном»). В белорусской и украинской традициях такие формы встречаются чаще, поэтому корни фамилии, скорее всего, лежат в западных или юго-западных регионах России, где смешивались русские и малороссийские говоры. В центральных великорусских землях предпочитали суффиксы -аш, -яш или -ух (Антоша, Антонюк), так что Антониковы выделяются на их фоне.

Ударение в фамилии, вероятно, падает на второй слог: Анто́никова. Если бы ударным был третий слог (Антони́кова), основа читалась бы как от имени Антонина — женского варианта. Но суффикс -ик в мужских прозвищах указывает именно на мужскую линию: прозвище Антоник получил мужчина, а его потомков записали как Антониковы.

Сословно фамилия не маркирована: в ней нет дворянских суффиксов -ский или -цкий, нет и простонародного окончания -их. Антониковы могли быть и крестьянами, и мещанами, и духовенством — точных данных нет. Встречаемость фамилии низкая, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Антоникова, скорее всего, ваши предки жили компактно, возможно, в одном селе или уезде.