Фамилия Антоночкин — один из тех случаев, когда русская фамилия строится не от полного имени, а от его уменьшительно-ласкательной формы. В основе лежит имя Антон, которое восходит к латинскому Antonius (древнеримское родовое имя, предположительно означавшее «вступающий в бой» или «цветок»). Но Антоночкин — это не «сын Антона», а «сын Антоночки».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Антоночкин буквально значило «чей?» — «Антоночкин сын» или «внук Антоночки». А вот форма Антоночка — это нестандартный уменьшительный вариант. Обычно от Антона образуют Антошка, Антоня, Тоша. Форма Антоночка встречается реже, и она несёт оттенок особой ласковости или региональной особенности. Возможно, в некоторых говорах так называли младшего или любимого сына в семье.

Словообразовательная модель здесь двойная: сначала к основе Антон- добавляется суффикс -очк- (уменьшительно-ласкательный, как в «лапочка»), затем — фамильный суффикс -ин. Получается редкая цепочка: имя → ласкательная форма → фамилия. Такие фамилии — Антоночкин, Ванечкин, Петенькин — обычно возникали в среде, где ценили домашние, «семейные» прозвища, и закреплялись за крестьянскими или мещанскими родами в XIX веке.

Географически фамилия Антоночкин — не массовая. Она встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в бывших Владимирской, Костромской и Ярославской губерниях. В этих местах любили «растягивать» имена с помощью суффиксов -очк-/-ечк-, что дало много похожих фамилий: Алёшечкин, Серёжечкин, Митечкин.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Антоночкин не упоминается отдельно, но модель описывается как характерная для «полуимён» — неформальных домашних форм, которые в XIX веке могли стать официальными фамилиями при переписях. Споров о корне нет: все версии сходятся на имени Антон. Альтернативная гипотеза о связи с прозвищем Антонок (от «антоновка» — сорт яблок) маловероятна, так как суффикс -очк- не типичен для прозвищ от названий плодов.

Таким образом, предки носителя фамилии Антоночкин скорее всего были крестьянами или мещанами, а в их семье мальчика Антона ласково называли Антоночкой — и это прозвище закрепилось как родовое имя.