Фамилия Анюховская образована от производной формы женского имени Анна — Анюха. В переводе с древнееврейского это имя означает «грациозная», «миловидная». Наиболее известной носительницей имени была праведная Анна, мать Богородицы. Потомок человека по имени Анна со временем получал фамилию Анюховский или Анюховская.

Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия относится к так называемым «географическим» или «дворянским» моделям. В русской ономастике фамилии на -ский/-цкий чаще всего возникали у выходцев из шляхты (в Польше и на западнорусских землях) либо у духовенства, которое нередко получало фамилии по названиям церквей или сёл. Впрочем, в XIX веке эта модель стала массовой и у крестьян, поэтому однозначно судить о сословной принадлежности предков Анюховских без генеалогического исследования нельзя.

Основа Анюх- — это народный, уменьшительно-ласкательный вариант имени Анна. Подобные формы (Анюта, Анютка, Анюха) были широко распространены в повседневной речи на протяжении нескольких столетий. Интересно, что фамилия Анюховский/Анюховская встречается преимущественно на территории современной Беларуси, Украины и в западных областях России, что подтверждает её возможное польское или малороссийское происхождение.

Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Анюховских можно лишь на основании архивных документов и генеалогических разысканий. Но уже сейчас ясно: в основе фамилии лежит простое и древнее имя, которое через бытовую уменьшительную форму перешло в фамильное прозвание и закрепилось за целым рядом семей.