Фамилия Анюхов — редкий пример того, как церковное имя, пройдя через народное произношение, закрепилось в виде, далёком от исходника. В её основе лежит крестильное имя Аний. В святцах оно встречается редко, но известно по нескольким раннехристианским мученикам. В бытовой речи имя Аний превратилось в уменьшительную форму Анюха — по той же модели, что «Саня» от Александр или «Тоня» от Антонина. Притяжательный суффикс -ов добавили, чтобы обозначить потомка: Анюхов буквально значит «сын Анюхи», то есть «внук или потомок человека по имени Аний».

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с украинским или белорусским диалектным словом «анюха» — так в некоторых говорах называли неряшливого, неопрятного человека. Однако эта гипотеза слабее: прозвище с такой негативной окраской редко становилось основой для фамилии без явных документальных подтверждений, которых по Анюховым нет.

География фамилии неширокая. Основные очаги — южные области России (Воронежская, Ростовская) и восток Украины. Встречаемость крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одном селе или небольшом уезде, и фамилия не успела разойтись широко.

Интересная деталь: в старых метрических книгах XVIII — начала XIX века фамилию могли записывать через «я» — Анюхов. Это не ошибка, а диалектное «яканье»: в южнорусских говорах безударное «а» после мягкого согласного звучало как «я». Такая вариативность написания — дополнительный аргумент в пользу того, что фамилия формировалась в устной среде, а не в канцеляриях.