Фамилия Анюхова — женская форма фамилии Анюхов, и её разговорное, «домашнее» звучание может ввести в заблуждение. Вопреки возможной догадке, корень здесь не связан напрямую с ласкательным именем Аня. Словообразовательная модель указывает на более архаичную основу.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища или имени Анюх. В старых русских говорах, особенно на северо-западе и в новгородских землях, слово «анюха» могло означать «простак», «разиня» или «медлительный человек». Такие прозвища давали не в обиду, а по характерной черте поведения — например, за спокойный нрав или неспешность в работе. Суффикс -ов- указывает на принадлежность: Анюхов — сын Анюха.

Есть и вторая, менее распространённая версия: Анюх могло быть производной формой от крестильного имени Аникий (в народе — Аника, Анюта). В этом случае фамилия минует каноническое имя и опирается на его бытовой вариант, что типично для русских фамилий XVI–XVII веков. Однако связь с именем Аня (Анна) маловероятна: для него характерны суффиксы -ин (Аннин, Анютин), а не -ов.

Географически фамилия Анюховых встречается в основном в центральных и северных областях России, но не относится к числу массовых. В отличие от фамилий дворянских сословий, Анюховы — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, чьи прозвища закрепились в документах переписей XVII–XVIII веков. Уникальность фамилии в том, что она сохранила редкий для женской формы суффикс -ов- (обычно его заменяют на -а, но здесь он остался неизменным), что подчёркивает её простонародное, а не книжное происхождение.