Основой фамилии Анюхин послужило мирское имя Анюха. Оно имеет ряд производных форм, одна из которых — Анюха — и легла в основу данной фамилии. В переводе с древнееврейского языка это имя означает «грациозная», «миловидная». Наиболее известной женщиной с именем Анна была праведная мать Пресвятой Богородицы Девы Марии, Матери Иисуса Христа. Образование фамилий от женских имен не типично для русской традиции. Скорее всего, подобную фамилию получил сын одинокой женщины или вдовы. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Анюха, со временем получил фамилию Анюхин.