Фамилия Анюшины — редкий пример метронимической фамилии, то есть образованной не от имени отца, а от имени матери. В основе лежит имя Анюша, которое почти наверняка является уменьшительно-ласкательной формой от крестильного имени Анна. Само имя Анна восходит к древнееврейскому Ханна, что значит «милость» или «благодать». В христианской традиции особенно почитается святая Анна, мать Девы Марии и бабка Иисуса Христа: согласно преданию, она долгие годы была бесплодна и родила дочь только после горячих молитв, что сделало её имя символом вымоленного, долгожданного материнства.

Однако есть и другая, менее очевидная версия происхождения. Имя Анюша могло быть народной формой от мужского имени Онуфрий, которое имеет египетские корни и переводится как «священный бык». В этом случае фамилия была бы не метронимической, а обычной отческой — по отцу. Но эта гипотеза слабее: форма «Анюша» для Онуфрия нехарактерна и встречается редко, тогда как связь с популярным именем Анна лежит на поверхности.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Анюшины — буквально «чьи?» — люди из семьи Анюши. Такая модель образования типична для северных и центральных русских говоров, где метронимические фамилии встречаются чаще, чем на юге. В словаре Б. Унбегауна подобные случаи описываются как отражение особой роли женщины в семье или вдовьего хозяйства, когда фамилия закреплялась по матери. Таким образом, предок современных Анюшиных мог быть сыном женщины по имени Анна (в просторечии — Анюша), которая, возможно, одна вела дом или пользовалась в округе особым уважением.