Фамилия Анюшин — это типичный пример русской фамилии, образованной от имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Анюшин буквально значит «сын Анюши» или «человек из рода Анюши». Сама основа, имя Анюша, в русской традиции почти всегда была уменьшительно-ласкательной формой женского имени Анна. Анна, в свою очередь, восходит к древнееврейскому Ханна, что означает «милость» или «благодать».

В христианстве имя Анна глубоко почитаемо. Самая известная святая с этим именем — мать Девы Марии и бабка Иисуса Христа. Согласно преданию, Анна и её муж Иоаким долгие годы были бездетны, что в те времена считалось позором и вызывало насмешки. Однажды дары Иоакима не приняли в храме именно из-за его бездетности. После этого супруги в слезах и молитве просили Бога о ребёнке. Их молитва была услышана: Ангел возвестил, что у них родится дочь, которую благословит весь род человеческий. Так родилась Мария — будущая мать Иисуса Христа. Этот сюжет во многом определил популярность имени Анна на Руси, а с ним — и производных форм вроде Анюша.

Однако у происхождения фамилии Анюшин есть и другая, менее очевидная версия. Имя Анюша могло быть образовано не от Анны, а от мужского имени Онуфрий. Это имя имеет древнеегипетские корни и переводится как «священный бык». В русском языке имя Онуфрий давало множество народных и уменьшительных форм, в том числе и Анюша (через цепочку Онуфрий — Онуша — Ануша — Анюша). Эта версия менее распространена, но лингвистически вполне допустима: звуковое сходство и народная переработка имён нередко приводили к таким совпадениям.

Исходя из частотности, первая версия (от имени Анна) выглядит правдоподобнее. Имя Анна было одним из самых распространённых женских имён в России, а его уменьшительные формы (Аня, Анюта, Анюша) дали жизнь десяткам фамилий. Вторая версия (от Онуфрия) — скорее редкий случай, возможный в отдельных семьях, где предка действительно звали Онуфрий, а в быту называли Анюшей. Фамилия Анюшин не относится к числу аристократических: суффикс -ин в сочетании с уменьшительным именем указывает на крестьянское или мещанское происхождение, где фамилии часто закреплялись по домашнему, обиходному имени главы семьи.