Фамилия Анюшина — классический пример русской «материнской» фамилии, образованной через суффикс -ин. Этот суффикс в русской ономастике указывает на принадлежность: Анюшина буквально значит «дочь (или жена) Анюши». В центре фамилии — личное имя или прозвище Анюша, и здесь открывается простор для двух версий, обе из которых имеют право на существование.

Самая прямая и распространённая версия: Анюша — это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Анна. Имя Анна восходит к древнееврейскому Ханнах, что означает «милость» или «благодать». В христианской традиции наиболее почитаемая святая с этим именем — праведная Анна, мать Девы Марии. Согласно преданию, Анна и её муж Иоаким долгие годы были бездетны и терпели насмешки, так как в иудейском обществе бездетность считалась позором. Они горячо молились, и однажды, когда дары Иоакима не принял священник Рувим, сочтя бездетного мужа недостойным жертвы, супруги усилили молитву. Ангел возвестил им о рождении дочери, которую благословит весь род человеческий. Так родилась Мария, будущая мать Иисуса Христа. Имя Анна стало одним из самых распространённых в России, а его производные — Аня, Анюта, Анюша — дали жизнь множеству фамилий. Анюшины в этом случае — потомки женщины, которую в быту звали Анюшей.

Существует и менее очевидная, но лингвистически допустимая версия. Анюша могло быть народной, просторечной формой мужского имени Онуфрий. Имя Онуфрий имеет египетские корни и переводится как «священный бык». В русских говорах имена нередко «упрощались» до неузнаваемости, и Анюша вполне могло закрепиться как обиходный вариант Онуфрия. В таком случае родоначальником Анюшиных был мужчина по имени Онуфрий, которого домашние звали Анюшей. Эта версия объясняет, почему фамилия оканчивается на -ин (а не на -ов, как большинство «мужских» фамилий): притяжательная форма от Анюша — «чей сын?» — «Анюшин».

Какая из версий верна для конкретной семьи, без генеалогического исследования не установить. Фамилия Анюшина встречается в разных регионах России, и в каждом случае история её появления могла быть своей. Ясно одно: независимо от того, восходит ли она к библейской Анне или к редкому мужскому имени Онуфрий, фамилия эта — живое свидетельство того, как в русском быту ласковое или сокращённое имя становилось основой для родового прозвания.