Фамилия Анюшкина — один из ярких примеров «материнской» фамилии, то есть образованной не от имени отца, а от имени матери. В её основе лежит имя Анна в ласковой народной форме — Анюшка. Суффикс -ин здесь указывает на принадлежность: Анюшкин буквально означает «сын Анюшки» или «потомок Анюшки». Такие фамилии (сравните Аннушкин, Анюткин, Анкин) возникали в ситуациях, когда мать играла ключевую роль в семье — например, была вдовой, или её имя оказывалось для окружающих значимее отцовского.

Словообразовательная модель проста: к основе Анюшк- добавляется притяжательный суффикс -ин, а окончание -а указывает на женский род носительницы (в мужском варианте фамилия звучала бы как Анюшкин). В русской ономастике это типичная «полуотчество» от женского имени — модель, которую подробно разбирал Б. Унбегаун в «Русских фамилиях». Форма Анюшка — не просто уменьшительное, а народный вариант, распространённый в XIX веке среди крестьян и мещан, особенно в центральных и северных губерниях России.

Географически фамилия Анюшкина встречается преимущественно в европейской части России, с заметным скоплением в старых русских областях. В архивах Рязанской и Тамбовской губерний сохранились записи о крестьянах Анюшкиных. Сословно это почти наверняка крестьянская или мещанская фамилия: дворянские роды редко образовывали фамилии от простонародных форм имени Анна, предпочитая варианты вроде Анненских или Анненковых.

Существует альтернативная, но менее вероятная версия: от прозвища Анюшка, которое могли дать мужчине с мягким характером или тому, кто занимался женской работой, например нянчил детей. Однако эта гипотеза слаба: в документах фамилия почти всегда привязана к женскому имени, а не к прозвищу.

Известных носителей с историческим весом нет — фамилия осталась в народной среде, не попав в дворянские родословные книги. Но это не умаляет её ценности: Анюшкина — живое свидетельство того, как в русской деревне через имя матери фиксировали родство, особенно если отец был неизвестен или рано умер.