Фамилия Анюточкин — яркий пример того, как в русской ономастике уменьшительно-ласкательные формы личных имен становились официальными родовыми прозваниями. В основе, очевидно, лежит имя Анюточка — ласковый вариант крестильного имени Анна, которое пришло на Русь из древнееврейского языка и означает «благодать» или «милость». Модель образования здесь проста и прозрачна: от имени → к притяжательному прилагательному с суффиксом -ин (Анюточкин — «чей?» — сын или потомок Анюточки), причем суффикс -к- в основе удвоился благодаря уменьшительному суффиксу -очк-.

Интересно, что в русской традиции фамилии на -ин обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а/-я, что мы и видим. Однако сам суффикс -очк- в основе встречается реже, чем более простые -ин или -ов. Анюточкин — фамилия «молодая» в том смысле, что она не могла возникнуть раньше, чем имя Анюточка стало устойчивым бытовым прозвищем. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо сыном женщины по имени Анна, которую в семье звали именно Анюточкой, либо сам носил это имя в качестве домашнего, неофициального прозвища, которое потом закрепилось за его детьми.

В географическом плане фамилия редкая и, по всей видимости, не имеет выраженного очага распространения. Она не встречается в старых боярских списках или казачьих реестрах, что указывает на её позднее происхождение — скорее всего, из крестьянской или мещанской среды XIX века, когда фамилии активно присваивались или записывались по прозвищам. Сравните с однокоренными, но более частыми фамилиями: Анютин (от той же основы, но с суффиксом -ин напрямую) или Анюткин (с суффиксом -к-). Анюточкин звучит как более «домашний», почти сказочный вариант, что делает его особенно колоритным.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не приводит эту фамилию отдельно, но её механизм полностью укладывается в описанные им модели образования русских фамилий от уменьшительных форм женских имен. Споров о происхождении здесь практически нет — альтернативная версия, что фамилия могла произойти от прозвища Анюточка, данного мужчине (например, за мягкий характер), маловероятна, так как в крестьянском быту мужчину так бы не назвали. Это чисто «матримониальный» случай, когда фамилия пошла от женского имени, что в целом для русских фамилий редкость — большинство образовано от мужских имен.