Фамилия Анютин — редкий пример русской фамилии, которая произошла напрямую от женского имени, а не от мужского, как большинство. В её основе лежит ласкательная форма Анюта от имени Анна, а суффикс -ин отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность: Анютин значит «сын Анюты» или «потомок Анюты». Такая модель (Иванов, Петров) обычно строится от отца, поэтому фамилии от женских имён возникали в исключительных ситуациях — когда женщина была главой семьи, мужчина получал прозвище по матери или ребёнка записывали по матери из-за смерти или отсутствия отца.

Сама форма Анюта закрепилась в русском быту в XVII–XVIII веках. В отличие от более официальной Аннушки, Анюта звучала тепло и по-домашнему, что и закрепилось в фамилии. Анютин могла появиться в крестьянской или мещанской среде, где детей иногда записывали не по отцу, а по матери. В этом смысле фамилия — сохранившееся в официальном родовом имени редкое отчество «по матери».

С географической точки зрения фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда. По данным современных телефонных справочников и баз переписи, Анютины чаще всего фиксируются в Центральной России, Поволжье и на Урале. Встречается и вариант Анютина — в женском роде, но как фамилия она склоняется по общим правилам.

Важно не путать фамилию с топонимом: хотя существуют посёлки Анютино (в Чувашии, Удмуртии и других регионах), названия населённых пунктов обычно вторичны и происходят от той же фамилии, а не наоборот. Корень у фамилии — имя, а не название места.

В словаре русских фамилий Б. Унбегауна эта модель описана как характерная для «материнских» фамилий, но сам Анютин в нём не выделен отдельно — настолько она редка. Для носителя фамилии это хорошая зацепка: предки, скорее всего, жили в среде, где женщина играла заметную роль, или же родословная начинается с внебрачного ребёнка, записанного по матери. Никакой трагедии в этом нет — просто история семьи, которая сохранилась в языке.