Фамилия Апаницкий — одна из тех, что ставит перед исследователем сразу несколько загадок. Её основа неочевидна, а география бытования подсказывает, что ключ к разгадке лежит не в центральных, а в западных и юго-западных землях бывшей Российской империи.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её польское или украинское происхождение. Суффикс -цк(ий) характерен для шляхетских фамилий Речи Посполитой, образованных от названий местностей. В русской традиции этот суффикс часто трансформировался в -ский, но исходная форма — Апаницкий — сохранила польский оттенок. Таким образом, первый и самый вероятный вариант: фамилия происходит от названия населённого пункта. На карте Польши и Западной Украины можно встретить топонимы вроде Апанице (Apanice) или похожие — например, село Опаница в современной Львовской области. Переселенец из такого места получал прозвище «Апаницкий», то есть «тот, кто из Апаниц».

Однако есть и вторая, более редкая версия, связанная с личным прозвищем. В основе может лежать диалектное слово «апаный» или «опаный» — в некоторых южнорусских и украинских говорах так называли человека, который «опал», то есть обгорел на солнце или у огня, либо, в переносном смысле, нерадивого, «пропащего» хозяина. Если прозвище Апанец или Опанец существовало, то фамилия Апаницкий могла означать «сын Апанца» (с прибавлением характерного польского суффикса). Эта версия менее убедительна, потому что не объясняет, зачем к прозвищу добавили именно -цкий, а не более простой -ов или -ин.

Спор вызывает и написание через «А»: в большинстве аналогичных фамилий (Опарин, Опалев) корень пишется через «О». Скорее всего, это результат аканья — произносительной нормы, закреплённой на письме. В документах XIX века можно встретить оба варианта: Апаницкий и Опаницкий. Встречается и написание Апанецкий — с «е» вместо «и», что подтверждает связь с топонимом Апанице.

Социальный статус первых носителей был, скорее всего, невысоким. Фамилии на -цкий в Польше носили не только магнаты, но и мелкая шляхта, а также крестьяне, переселившиеся в другие места. В метрических книгах XIX века Апаницкие встречаются среди мещан и крестьян Волынской, Подольской и Киевской губерний. В центральной России фамилия редка, что подтверждает её западнорусские корни.