Фамилия Апендиев образована от имени Апенди, которое является фонетическим вариантом имени Афанди (Эфенди, Эпенди). Оно берет начало от арабского существительного afandī, которое в переводе на русский язык означает «хозяин, господин», «уважаемый». Это нарицательное также использовалось для обозначения почетного титула благородных особ. Оно следовало за именем и давалось чаще всего представителям ученых профессий. Вероятно, родители назвали ребенка именем Апенди, желая, чтобы он добился высокого положения в обществе. Таким образом, потомок человека, которого звали Апенди, со временем получил фамилию Апендиев. Тюркский корень -огло/-оглу/-оглы (в переводе «потомок, сын») типичен для турецких, гагаузских и прочих тюркских фамилий.