Фамилия Апенит — редкая и неочевидная. В русской ономастике она выбивается из привычного ряда фамилий на -ов, -ин или -ский. Это сразу подсказывает: перед нами, скорее всего, позднее, искусственное образование, возникшее не в крестьянской или купеческой среде, а в книжной, семинарской. XVIII–XIX века — время, когда будущим священникам и их детям нередко давали «благозвучные» фамилии на латинский или греческий манер, и Апенит — типичный пример такой «кабинетной» фамилии, придуманной за письменным столом, а не родившейся из бытового прозвища.

Самая правдоподобная версия ведёт к латинскому слову apis — «пчела». Суффикс -ит здесь работает как часть прилагательного или существительного, указывающего на принадлежность или свойство. Получается, Апенит — это «пчелиный» или «относящийся к пчеле». Такую фамилию могли дать в духовном училище или семинарии ученику, отличавшемуся особым трудолюбием, либо она стала прямой калькой с греческого слова, обозначающего пчеловода. В пользу этой гипотезы говорит и то, что семинарские фамилии нередко образовывали от названий животных и растений именно на латыни (вспомним Апиарий, Апикула). Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет привычного русского суффикса принадлежности. Если бы она была исконно русской, мы бы скорее увидели вариант Апеничев или Апенов. Окончание -ит выдаёт книжный, западноевропейский или классический способ оформления.

Менее вероятно, но не исключено, что фамилия могла возникнуть из прозвища, связанного с местным диалектным словом. В русских говорах «апенит» не встречается, но можно предположить искажённое заимствование из немецкого или прибалтийских языков: например, корень мог означать «обезьяна» (нем. Affe) или «яблоко» (нем. Apfel). Однако эти версии остаются спекулятивными — исторические документы их не подтверждают.

География фамилии Апенит крайне узкая. По современным данным, она встречается в основном в России, с заметным сосредоточением в Москве, Санкт-Петербурге, а также в Свердловской и Челябинской областях. Такая локализация говорит о том, что фамилия не была массовой и передавалась в рамках одного или нескольких родов, вероятнее всего — из духовного сословия. Таким образом, носитель фамилии Апенит с высокой вероятностью ведёт свой род от людей, связанных с церковью или образованием, а само прозвище предка отсылает к образу пчелы — символу усердия и порядка.