Фамилия Апенит — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В русской ономастике она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её вероятно позднее, искусственное или иноязычное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в семинарской среде или среди образованных слоёв населения в XVIII–XIX веках, когда священникам и их детям давали «благозвучные» фамилии на латинский или греческий манер.

Самая правдоподобная версия связывает Апенит с латинским словом apis — «пчела». Суффикс -ит здесь можно трактовать как часть прилагательного или существительного, обозначающего принадлежность или свойство. Тогда Апенит — «пчелиный», «относящийся к пчеле». Такая фамилия могла быть дана в духовном училище или семинарии ученику, отличавшемуся трудолюбием, или же стать калькой с греческого слова, означающего пчеловода. В пользу этой гипотезы говорит то, что семинарские фамилии нередко образовывали от названий животных и растений на латыни (например, Апиарий, Апикула).

Менее вероятно, но нельзя исключать, что фамилия могла возникнуть из прозвища, связанного с местным диалектным словом. В русских говорах «апенит» не фиксируется, но можно предположить искажённое заимствование из немецкого или прибалтийских языков, где корень мог означать что-то вроде «обезьяна» (нем. Affe) или «яблоко» (нем. Apfel). Однако такие версии остаются спекулятивными, так как не имеют подтверждения в исторических документах.

География фамилии Апенит крайне узкая. Она встречается в основном в России и, по данным современных записей, сосредоточена в нескольких регионах — есть носители в Москве, Санкт-Петербурге, а также в Свердловской и Челябинской областях. Это может говорить о том, что фамилия не была массовой и передавалась в рамках одного или нескольких родов, возможно, из духовного сословия.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет привычного русского суффикса принадлежности, а окончание -ит указывает на книжный, западноевропейский или классический способ оформления. Если бы фамилия была исконно русской, она скорее звучала бы как Апеничев или Апенов. Поэтому Апенит — это пример «кабинетной» фамилии, придуманной за письменным столом, а не возникшей из бытового прозвища.

В целом, носитель фамилии Апенит может с высокой вероятностью вести свой род от людей, связанных с церковью или образованием, а само прозвище предка отсылает к образу пчелы — символа усердия и порядка.