Фамилия Аплеснин — один из тех случаев, когда написание расходится с привычным слуху. В ней нет суффикса -ов или -ин в чистом виде, хотя на первый взгляд кажется, что фамилия кончается на -ин. На самом деле основа здесь — Аплесн-, а -ин — это притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Аплеснин, то есть сын или потомок Аплесны.

Корень фамилии восходит к прозвищу или имени Аплесна. Эта форма, скорее всего, образована от слова «аплес» — диалектного варианта слова «оплечье». В русских говорах «оплечье» (или «аплечье») — это часть одежды, закрывающая плечи, или широкая верхняя часть рубахи. Человек с таким прозвищем мог либо носить характерную одежду, либо, что вероятнее, заниматься её шитьём или продажей. В ономастике прозвища по деталям костюма — обычное дело: Опалёнов, Шубин, Кафтанов.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где было принято называть человека по отцу или главе семьи с помощью краткого притяжательного прилагательного. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

В некоторых источниках можно встретить версию, что Аплеснин происходит от слова «оплесна» — так в некоторых говорах называли рыбу (например, плотву или уклейку). Но эта гипотеза менее убедительна: прозвище по названию мелкой рыбы встречается редко, а вот связь с одеждой — устойчивый ономастический архетип.

Фамилия редкая. Встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что подтверждает её северное происхождение. В документах XVII–XVIII веков на Русском Севере нередко фиксировались крестьяне и посадские люди с прозвищами, образованными от названий предметов быта, поэтому Аплеснины — скорее всего, потомки свободных крестьян или ремесленников, а не дворянского рода.