Фамилия Аплеева — женская форма фамилии Аплеев. В её основе лежит личное именование или прозвище Аплей, а сама фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, указывающим на принадлежность («чей?» — Аплеев сын).

Происхождение имени Аплей неоднозначно, и здесь есть несколько версий, каждая из которых по-своему убедительна. Самая вероятная связывает фамилию с тюркским миром. Имя Аплей (или Абли) могло быть вариантом имени Абель, которое, в свою очередь, восходит к арабскому корню «аб» — «отец ребенка; основной, истинный владелец». Эта версия объясняет широкое бытование фамилии в Поволжье и на Урале, где исторически сильны тюркские языки.

Другая линия ведет в Западную Европу. Именование Аплей могло быть адаптацией немецкого или еврейского прозвища Апель (Appel), что означает «яблоко». В этом случае прозвище мог получить садовод, торговец яблоками или просто человек с румяными щеками. Не исключено, что это было и древнее языческое имя, данное ребенку по названию растения — такая традиция существовала у многих народов.

Третья, менее очевидная версия, возводит имя Аплей к краткой форме сложных германских имен. Например, к имени Эберхард (от древнегерманского eber — «дикий кабан» и hard — «храбрый») или к имени Альбрехт (adal — «благородный» и berht — «светлый»). В любом случае, кто бы ни был первым носителем этого прозвища — тюркский кочевник, немецкий садовод или потомок скандинавского воина, — его потомок и стал родоначальником фамилии Аплеевых.