Фамилия Апполоненкова прошла долгий путь, прежде чем приобрела современное звучание. В её основе лежит имя древнегреческого бога Аполлона — златокудрого покровителя искусств, света, прорицаний и целительства. Имя это переводится как «яростный, подобный Солнцу» и олицетворяло солнечное начало. Однако в русской традиции фамилия могла возникнуть не напрямую от имени античного божества, а от крестильного имени Аполлон, которое давали при крещении в честь святых — например, священномученика Аполлона, одного из 70 апостолов.

Первоначальная форма — Апполоненко — типична для украинской или белорусской традиции, где суффикс -енко означает «сын» или «потомок». Носитель такой фамилии — сын Аполлона. Когда род переехал в великорусские земли, произошла русификация: добавился суффикс -ов, характерный для русских фамилий. Так Апполоненко превратился в Апполоненкова. Примечательно, что суффикс -ов по правилам присоединяется к словам мужского рода, и здесь он механически закрепился за уже готовой фамилией, а не за исходным именем.

Двойная буква «п» в корне — результат поздней орфографической нормы, стремления приблизить написание к греческому оригиналу. В документах XIX века нередко встречается вариант с одной «п» — Аполоненков, что отражает реальное произношение.

Сословная принадлежность рода Апполоненковых могла быть разной: от крестьян и мещан до духовенства. Имя Аполлон в среде священнослужителей встречалось чаще, чем среди простых крестьян, поэтому нельзя исключать, что предки носителя фамилии были выходцами из церковной среды.

Точное время и место возникновения фамилии можно установить только по архивным записям — метрическим книгам или ревизским сказкам. Но уже ясно одно: перед нами фамилия, в которой сплелись античная мифология, христианская традиция и восточнославянские модели образования.