Фамилия Аполлоненков — редкий и конструктивно сложный случай в русской ономастике. Её основа — крестильное имя Аполлон, попавшее в православные святцы из античной мифологии, где Аполлон был богом света и искусств. Однако в крестьянской и мещанской среде это имя бытовало без всякого мифологического ореола, просто как одно из редких календарных имён. От него образовали уменьшительно-патронимическую форму Аполлоненко («маленький Аполлон» или «сын Аполлона»), а затем, при документальной записи, к ней добавили великорусский суффикс -ов. Так появился Аполлоненков.

Двойная суффиксация — верный признак того, что предок носителя фамилии жил на стыке двух диалектных зон. Либо это переселенец с Украины на север, либо житель южнорусских губерний (Курской, Воронежской), где модель на -енко была обычной, а -ов добавляли для приведения фамилии к общероссийскому стандарту. В отличие от прямых патронимов на -ов (Аполлонов), вариант Аполлоненков сохраняет память о том, что родоначальника звали уменьшительно — Аполлоненко, то есть «сын Аполлона».

Географически фамилия точечная. По данным переписей и телефонных справочников XX века, Аполлоненковы встречаются почти исключительно в Брянской и Смоленской областях, а также единично в Москве. Это указывает на локальный очаг: скорее всего, фамилия возникла в одном селе или приходе, где жила семья, получившая прозвище по имени родоначальника — некоего Аполлона.

Сословную принадлежность определить трудно. Фамилия на -енков не была дворянской или купеческой, но и не обязательно крестьянской: её могли носить однодворцы, церковнослужители или казаки. Ясно одно: предок Аполлоненковых не был иностранцем и не принадлежал к высшей аристократии, а само имя Аполлон в его роду передавалось как мирское или крестильное, без античного подтекста.

В быту имя Аполлон могли сокращать до Полоня или Аполоша, что породило параллельные фамилии Полоненков, Аполошкин, Аполлонов. Все они однокоренные, но Аполлоненков остаётся самым редким и конструктивно сложным. Это не случайность, а следствие двойной переработки имени, которая закрепилась в документах лишь в одном небольшом регионе.