Фамилия Аполлонин — пример того, как редкое церковное имя породило фамилию, заметную не по числу носителей, а по своему устройству. Она построена по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который в фамилиях отвечает на вопрос «чей?»: Аполлонин означает «сын Аполлона» или «потомок человека по имени Аполлон». Основа здесь — мужское имя Аполлон, пришедшее на Русь с христианством из греческого языка. В древнегреческой мифологии это бог света и искусств, но в крестьянской и мещанской среде имя воспринимали просто как редкое, но допустимое церковное — в святцах оно есть, и крестили им детей, хоть и нечасто.

Суффикс -ин обычно присоединяется к основам, которые оканчиваются на -а или -я. В фамилии Аполлонин это указывает на то, что в основе лежала не полная форма имени Аполлон, а разговорная или обиходная — Аполлона. Если бы фамилия звучала как Аполлонов, её образовали бы напрямую от полного имени (Аполлон + -ов). Но вариант Аполлонин говорит о другом: либо человека в быту звали Аполлоной (по аналогии с Никита — Никитин, Фома — Фомин), либо фамилия закрепилась от отчества, где имя отца стояло в родительном падеже: «сын Аполлона» — Аполлонин. Второй вариант правдоподобнее: в документах XVII–XIX веков часто писали «Иван Аполлонин сын», и со временем притяжательное прилагательное стало фамилией.

Сословно фамилия могла принадлежать духовенству или выходцам из него — именно в церковной среде любили «говорящие» имена из античной мифологии, их давали при постриге или семинаристам. Однако не исключено, что Аполлонин — фамилия крестьянина или мещанина, получившего редкое имя при крещении. Споров о корне здесь нет: основа очевидна, а редкость фамилии делает её ценной для генеалогии — каждый носитель, скорее всего, происходит из одной небольшой ветви, а не из десятков разных родов. В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии на -ин от греческих имён отмечены как малочисленные, и Аполлонин — один из таких примеров, где за внешней простотой скрывается нечастая история.