Фамилия Аполонин — редкий случай, когда церковное имя попало в русский быт через нестандартную словообразовательную модель. В основе лежит каноническое имя Аполлоний (греч. Apollonios — «посвящённый Аполлону», богу искусств и солнца). Если бы фамилию образовали от полной формы имени, по правилам появился бы вариант Аполлонов. Но перед нами форма на -ин, что указывает на происхождение от имени Аполон (с одним «л») — просторечной, народной формы, бытовавшей в крестьянской и мещанской среде.

Суффикс -ин в русских фамилиях обычно означает принадлежность: «чей сын?» — Аполонин, то есть сын Аполона. Такая модель типична для имён, оканчивающихся на -а, -я (Ильин, Фомин). В случае с Аполониным суффикс закрепился по аналогии с фамилиями вроде Гаврилин (от Гаврила), хотя имя Аполон звучало как твёрдое, мужское. Это говорит о том, что фамилия складывалась не в книжной, а в устной традиции: имя произносили без второго «л» и с ударением на последний слог.

Географически фамилия редкая. Встречается в центральных областях России и на юге, но нигде не образует плотных гнёзд. Это типичная «одиночная» фамилия, которая могла возникнуть в одном-двух сёлах и дальше не распространилась. По сословной принадлежности — почти наверняка крестьянская или мещанская: дворянские роды предпочитали более «правильные» формы вроде Аполлонов.

Важно понимать: фамилия Аполонин не имеет прямого отношения к античной мифологии. Это не «сын бога», а «сын мужика по имени Аполон». Имя Аполон в народе не связывали с древнегреческим пантеоном — его давали по святцам, в честь святых Аполлониев, чтившихся в православии. Так что носитель фамилии Аполонин — потомок человека, которого окрестили редким, но церковным именем, а в быту переделали на свой лад.