Фамилия Аполонов образована от просторечной формы древнегреческого имени Аполлоний — Аполон. Само имя Аполлоний связано с культом бога Аполлона, и его значение — «губительный» — отсылает к одной из ипостасей этого божества, карающего стрелами. В основе фамилии лежит не каноническая церковная форма имени, а та, что бытовала в народной среде: Аполон. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Аполона», а значит, родоначальник носителей этой фамилии — человек, носивший имя Аполон. В России это имя встречалось в основном в среде духовенства и купечества, где любили давать детям «античные» имена по святцам. Фамилия Аполонов — одна из тех, что прямо выводится из личного имени без посредства прозвища или профессии: это чистая патронимическая модель, типичная для русского ономастикона. Стоит заметить, что написание с одной «л» («Аполонов») — более редкий вариант, чем «Аполлонов», который чаще встречается в документах и переписях, но обе формы восходят к одному корню.