Фамилия Аполон — случай, когда за основу взяли не крестильное имя, а его исходную греческую форму, минуя церковнославянское посредничество. В основе лежит древнегреческое имя Аполлон, принадлежавшее богу света и искусств. В русской православной традиции это имя бытовало в формах Аполлос или Аполлинарий. Фамилия Аполон, скорее всего, возникла в среде, где имя записывали «по-учёному», на греческий лад — без удвоенной «л» и с окончанием на твёрдый согласный. Такое написание могло закрепиться в документах XIX века у людей, получивших семинарское образование или связанных с духовенством: там любили античные имена.

Модель образования простейшая: фамилия бессуффиксная, то есть имя перешло в фамилию целиком, без добавления -ов или -ин. Это характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции, а также для фамилий польского или греческого происхождения. В России бессуффиксные фамилии на согласный чаще встречались среди духовенства и мещанства, реже — у крестьян. Носитель фамилии Аполон мог быть сыном человека по имени Аполон, либо сам получить фамилию по прозвищу, данному в училище или семинарии. Сравните с фамилиями Аполлосов, Аполлинариев — они образованы от тех же корней, но по другой модели, с суффиксом принадлежности.

Вторая, менее вероятная версия — связь со словом «апполон» в значении «красавец» или «щёголь». В просторечии так могли назвать статного, видного мужчину. Но эта гипотеза слабее: прозвища от имён античных богов в русской среде почти всегда восходят к личному имени, а не к нарицательному смыслу.

Географически фамилия Аполон встречается редко и разрозненно. Основные очаги — западные области России, Украина и, возможно, Молдавия. Встречаются варианты написания: Аполлон (с двойной «л»), Апполон, Апалон. Последний мог возникнуть под влиянием акающего произношения. Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия книжного происхождения, не крестьянская по своей природе. Предок носителя, скорее всего, был грамотным человеком — священником, учителем, семинаристом, либо выходцем из греческой или южнославянской диаспоры.