Фамилия Аполонов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Аполонов послужило церковное имя Аполлоний. Фамилия Аполонов восходит к мужскому имени Аполлоний (греч. — «губительный»), а точнее к его просторечной форме — Аполон. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Аполон, со временем получил фамилию Аполонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Аполонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Аполонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.