Фамилия Аполлонский образована от имени Аполлоний, которое в переводе с древнегреческого означает «губительный». Парадокс: имя связано с богом-целителем Аполлоном, но его семантика отсылает к разрушительной силе (вспомним Аполлона, наславшего чуму на троянцев). В обиходе имя сократили до формы Аполлон, и именно она легла в основу фамилии.

Суффикс -ский — ключевая деталь. В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ев, модель на -ский характерна для польской, украинской и белорусской традиции. Чаще всего такую фамилию получали не крестьяне, а шляхта или духовенство. Священники при выпуске из семинарии нередко меняли бытовую фамилию на «благозвучную» и «книжную» — выбирали имя святого или античного божества. Аполлонский мог появиться именно так: выпускник духовной академии взял себе фамилию в честь покровителя искусств, чтобы подчеркнуть образованность и отойти от простонародных корней.

Вторая версия — географическая. Фамилия могла закрепиться за выходцем из села или местечка с названием Аполлоново или Аполлонская (такие топонимы встречаются на западе бывшей Российской империи). В этом случае -ский означает «родом оттуда».

На письме фамилию иногда путают с Аполлонов — но это разные модели. Аполлонов — чисто русский вариант, патроним («сын Аполлона»), а Аполлонский — притяжательно-территориальный, более редкий и «элитарный» по происхождению. Встречается она в основном в центральных и южных регионах России, а также в Беларуси, но массовой не стала — носителей немного.