Фамилия Аполлонский восходит к мужскому имени Аполлоний (греч. — «губительный»), а точнее к его производной форме — Аполлон. Характерный суффикс -ский указывает на возможно украинское, белорусское или польское происхождение фамилии Аполлонский.