Фамилия Аполлонские — вариант фамилии Аполлонский, которая образована от имени собственного и относится к распространённому типу славянских фамилий. Основа фамилии — церковное имя Аполлоний (греч. — «губительный»), а точнее его производная форма — Аполлон. Такое имя давали в честь древнегреческого бога, но в христианской традиции оно ассоциировалось с апостолом Аполлосом, сподвижником Павла.

Характерный суффикс -ский указывает на возможное украинское, белорусское или польское происхождение. В этих языках фамилии на -ский (-ски, -ска) традиционно носили дворяне или духовенство, хотя со временем они распространились и среди крестьян. Фамилия Аполлонские могла принадлежать семье священника, получившей «семинарскую» фамилию по имени святого, или шляхетскому роду, взявшему за основу звучное античное имя.

Форма множественного числа — Аполлонские — типична для польской и западнорусской традиции, где фамилия в таком виде указывала на целый род или семейство. О точном месте и времени возникновения говорить сложно: процесс формирования фамилий был длительным, а имена греческого происхождения входили в обиход через церковные календари. В любом случае, фамилия Аполлонские — редкий памятник ономастики, сохранивший античный корень в славянской языковой среде.