Фамилия Апрен стоит особняком в русском ономастиконе: в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, а основа не поддаётся бытовому толкованию. Это почти наверняка не русская, а иноязычная фамилия, которая при записи в документах закрепилась в той форме, в которой мы её знаем.

Самая вероятная версия ведёт во Францию. Там встречаются фамилии Apprin, Appren, Aprein. Одна из возможных основ — старофранцузское «aprendre», то есть «учить, обучать». Такое прозвище могли дать учителю, наставнику или просто образованному человеку. Другая версия — топонимическая: во Франции есть коммуна Appren в департаменте Верхняя Савойя. В таком случае Апрен — указание на выходца оттуда. При адаптации в русских документах двойное «p» часто терялось, так что форма без удвоения — обычное дело.

Менее вероятно, что фамилия связана с немецким или голландским языком. В немецком есть слово «April» (апрель), но фамилия Апрен к нему не восходит — это случайное созвучие. В нидерландском встречается фамилия Apreen, но она тоже редкая и не даёт надёжной этимологической привязки.

В России фамилия Апрен могла появиться вместе с французскими эмигрантами или гувернёрами — как после революции 1917 года, так и раньше, в XVIII–XIX веках. Из-за редкости она почти не встречается в современных базах данных. Носители этой фамилии, скорее всего, потомки иностранных специалистов: учителей, врачей, инженеров. Не исключён и вариант единичной записи по слуху при переселении.

Если сравнивать с однокоренными, то ближе всего фамилии Апрелев и Апрельский — но они образованы от названия месяца, а не от французского корня. Апрен стоит особняком: это не адаптированная, а сохранённая в исходном виде фамилия, что делает её уникальным маркером западноевропейского происхождения в русской ономастике.