Фамилия Апсалыкова — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, до сих пор не получило однозначного толкования. В центре спора — корень «апсал-», который не встречается в списках древнерусских имён и прозвищ, но имеет параллели в тюркских языках. Самая правдоподобная версия связывает его с диалектным тюркским «апсалык» или «абсалык» — так в некоторых регионах называли старшего родственника, почётного старика или даже духа-покровителя домашнего очага. Если это так, то первый носитель прозвища Апсалык мог быть уважаемым главой рода или человеком, которому приписывали особую мудрость.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный. Однако географически фамилия тяготеет к южному Уралу и Зауралью, особенно к башкирским и татарским селам, где фамилии на «-ов» нередко давали по отцу, не меняя при этом тюркскую основу. Встречается она и у казахов, но в форме Апсалыков — без суффикса принадлежности к роду.

Менее убедительна версия, возводящая фамилию к арабскому «абд ас-салих» («раб праведного»), адаптированному через тюркское посредничество. Слабость этой гипотезы — в том, что фонетический переход «абд ас-салих» в «апсалык» требует слишком многих допущений, тогда как прямое бытовое прозвище встречается в тюркской среде чаще.

Сословная принадлежность предков Апсалыковых, скорее всего, не была единой. Носители фамилии встречались как среди государственных крестьян, так и среди казаков Оренбургского казачьего войска, где фиксировались выходцы из башкир и татар. В метрических книгах XIX века фамилия записывалась вариативно: Апсалыков, Опсалыков, Апсаликов — что говорит о её устном бытовании до официального закрепления.