Фамилия Ардуханов — одна из тех, что ведут к конкретной точке на карте, а не к личному прозвищу или имени. Её основа — название города Ардахан на северо-востоке современной Турции. Этот город стоит на Ардаганском плоскогорье в верховьях реки Куры, которая делит его пополам. В древности эти земли входили в состав Великой Армении (гавар Каджац области Гугарк), позже были частью Грузинского княжества Самцхе, а с XVI века — Османской империи.

После Русско-турецкой войны 1877–1878 годов Ардахан отошёл к России и до 1918 года входил в Карсскую область. В XIX веке население города занималось в основном скотоводством и земледелием, а среди ремёсел были распространены столярное, медное и ткацкое дело. К началу XX века здесь работали фабрика и пять небольших заводов — столярных, кожевенных и текстильных, а также около полутора сотен мастерских, магазинов и лавок.

Фамилия образована от прозвища Ардухан — так могли назвать человека, который был уроженцем этого города или долго там жил. Тюркский суффикс -ан в основе указывает на принадлежность к местности. Сама фамилия сложилась по русской модели с патронимическим суффиксом -ов, что типично для фамилий, которые оформлялись в XIX — начале XX века при записи в документы. Таким образом, Ардуханов — это не «сын Ардухана», а скорее «выходец из Ардахана», чья фамилия закрепилась в русском делопроизводстве после присоединения этих земель к Российской империи.