Фамилия Абдуханов образована от сложного мужского имени Абдухан. Это имя состоит из двух частей. Первая часть, Абду, восходит к арабскому корню со значением «раб» или «поклоняющийся», и в полной форме звучит как «абд» (раб Аллаха, раб Божий). Вторая часть, «хан», — это древний тюркский и монгольский титул верховного правителя, вождя племени или военачальника. Соединение этих двух компонентов в одном имени — характерная черта для народов, испытавших влияние и ислама, и тюркской государственной традиции: имя Абдухан буквально означает «раб хана» или «слуга правителя», но чаще воспринималось как благопожелательное, ставящее ребенка под покровительство власти и высших сил.

Словообразовательная модель фамилии типична для русского языка: к основе на согласный (Абдухан) добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Таким образом, Абдуханов — это «сын Абдухана» или «потомок Абдухана». Фамилия закрепилась в среде, где был распространен русский патронимический суффикс, то есть в семьях, уже включенных в общероссийскую систему документооборота.

Географически фамилия Абдуханов чаще всего встречается среди татар, башкир, а также у народов Северного Кавказа (особенно у чеченцев и ингушей) и у некоторых тюркских народов Средней Азии. В каждом из этих регионов имя Абдухан могло бытовать независимо, но фамилия, оформленная по русскому образцу, получила распространение в XIX–XX веках, когда фиксация фамилий стала массовой. Споров о происхождении основы здесь почти нет: обе части имени прозрачны для этимологии, и гипотеза о том, что «хан» в данном случае — не титул, а личное имя, маловероятна, так как в сложных именах он традиционно выступает именно как титульный компонент.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Абдуханов стоит в одном ряду с Абдуллиным, Абдурахмановым, Абдулхановым. Отличие в том, что вторая часть имени здесь не арабское имя (как Рахман, Латиф), а тюркский социальный термин, что делает фамилию маркером смешанной культурной среды, где арабская религиозная лексика соединилась с тюркской политической традицией.