Фамилия Ардухановы происходит от тюркского прозвища Ардухан, которое, в свою очередь, восходит к названию города Ардахан. Этот город находится на северо-востоке современной Турции, на Ардаганском плоскогорье, в верховьях реки Куры, которая делит его на две части. В древности Ардахан был центром гавара в области Гугарк Великой Армении и упоминался также как Каджац. До XVI века он входил в состав Грузинского царства (княжество Самцхе), затем оказался в составе Османской империи, а после Русско-турецкой войны 1877–1878 годов отошёл к России и до 1918 года относился к Карсской области.

Скорее всего, предок носителей фамилии был уроженцем этого города или долгое время жил в нём. В XIX веке население Ардахана занималось в основном скотоводством и земледелием, а среди ремёсел были распространены столярное и медное дело, ткачество. К началу XX века в городе работали фабрика, несколько небольших заводов (столярных, кожевенных, текстильных), а также около полутора сотен мастерских и лавок. Такая хозяйственная жизнь города даёт понять, кем могли быть предки Ардухановых — скорее всего, ремесленниками или торговцами, а не военной или чиновной знатью.

Фамилия образована по типичной восточной модели: к основе Ардухан добавлен русский патронимический суффикс -ов, что характерно для фамилий, которые складывались у народов Кавказа и Закавказья в XIX — начале XX века, когда они входили в состав Российской империи. О точном времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс оформления фамилий у разных народов шёл неравномерно, но бесспорно, что Ардухановы — это памятник восточной письменности и культуры, закреплённый в русской грамматической форме.