Фамилия Аткачунас — одна из тех, что сразу выдают литовское или жемайтское происхождение. В отличие от большинства русских фамилий, которые образуются с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин, здесь мы видим типично литовский суффикс -нас, указывающий на принадлежность или происхождение. В основе лежит личное имя или прозвище Аткачус (Atkаčius), которое, в свою очередь, восходит к литовскому глаголу atkasti — «откапывать», или atkakti — «упрямиться, быть настойчивым». Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище за характер — упрямый, несговорчивый человек, либо за занятие, связанное с земляными работами, например, копатель колодцев или могильщик.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму без русификации. В XIX веке, после включения литовских земель в состав Российской империи, многие литовские фамилии получали русские окончания (Аткачусов, Аткачунов), но Аткачунас осталась в исходном виде. Это говорит о том, что носители могли жить в относительно замкнутой среде, где не требовалось часто контактировать с русскоязычной администрацией, либо фамилия была записана в метрических книгах католических приходов, где строго следовали литовскому произношению.

Географически фамилия тяготеет к западной Литве, особенно к Жемайтии, где диалектные формы имён с суффиксом -нас встречаются чаще. Встречается и вариант Аткачюнас, где буква «ю» — результат литовской орфографии, передающей мягкость согласного. В современной Литве фамилия редкая, но не исчезнувшая — её можно найти в базах данных жителей Клайпеды, Шяуляя и окрестных деревень.

С точки зрения словообразования, Аткачунас — это патроним, то есть «сын Аткачуса». В Литве такие фамилии на -нас были особенно распространены среди крестьян, не имевших наследственного дворянского титула. Социальный статус предков — скорее всего, свободные земледельцы или ремесленники, а не шляхта, так как знатные роды чаще закрепляли за собой фамилии на -ич или двусоставные прозвища.