Фамилия Аткачунас — один из тех случаев, когда литовское происхождение видно невооружённым глазом. Вместо привычных русских суффиксов -ов, -ев или -ин здесь работает литовский формант -нас, который в патронимической системе означает «сын такого-то». То есть Аткачунас — это буквально «сын Аткачуса». Основа, личное имя или прозвище Аткачус (Atkаčius), скорее всего, восходит к литовскому глаголу atkasti («откапывать») либо atkakti («упрямиться, быть настойчивым»). Отсюда две версии прозвища: первое могло закрепиться за человеком с неуступчивым, упёртым характером, второе — за тем, чья работа была связана с землёй: копателем колодцев или могильщиком.

Фамилия интересна тем, что избежала русификации. В XIX веке, когда Литва входила в состав Российской империи, многие литовские фамилии получали русские окончания (Аткачусов, Аткачунов), но Аткачунас осталась в исходной форме. Это говорит о том, что носители жили в среде, где не требовалось часто контактировать с русскоязычной администрацией, либо фамилия была записана в метриках католических приходов, где строго придерживались литовского произношения.

Географически фамилия тяготеет к западной Литве, особенно к Жемайтии: именно в жемайтских диалектах суффикс -нас встречается чаще, чем в аукштайтских. Встречается и вариант Аткачюнас — с буквой «ю», которая в литовской орфографии передаёт мягкость согласного. В современной Литве фамилия редкая, но не исчезнувшая: её можно найти в базах жителей Клайпеды, Шяуляя и окрестных деревень.

С точки зрения социального статуса, Аткачунас — типичная крестьянская фамилия. В Литве патронимы на -нас были распространены среди свободных земледельцев и ремесленников, а не среди шляхты: знатные роды чаще закрепляли за собой фамилии на -ич или двусоставные прозвища. Так что предки человека с этой фамилией — скорее всего, небогатые, но свободные люди, чьё прозвище либо описывало характер, либо указывало на ремесло.